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So beheben Sie den Fehler „Zu viele offene Dateien“ beim Aggregieren von Milliarden von Datensätzen

Dafür gibt es keine klare Antwort, da Sie etwas sehr Schweres tun, aber es gibt eine Problemumgehung

ulimit ist ein Befehl in Unix/Linux, mit dem Systemgrenzen für alle Eigenschaften festgelegt werden können.

In Ihrem Fall müssen Sie max. nein. von offenen Dateien zählen oder auf der sicheren Seite unbegrenzt machen (empfohlen auch von MongoDB)

ulimit -n <large value in your case 1000000>

or 

sysctl -w fs.file-max=1000000

and

/etc/security/limits.conf or /etc/sysctl.conf:
change 

fs.file-max = 1000000