Am Ende habe ich die Reihenfolge der Modelldeklarationen geändert und es hat einfach funktioniert (dh das Modell nach deklariert referenziert (???))
class Flight(Document):
sync_discrepancies = ListField(EmbeddedDocumentField('SyncDiscrepancy'))
class SyncDiscrepancy(EmbeddedDocument):
error_code = IntField()