Ich schlage vor, dass Sie dieser Anleitung folgen: http://www.codeproject.com/Articles/81413/Windows-Azure-Drives-Part-1-Configure-and-Mounting . Diese Anleitung erklärt, wie Sie das Laufwerk mounten, zeigt aber auch, wie Sie den Laufwerksbuchstaben als Umgebungsvariable speichern können.
Dies ist interessant, denn wenn Sie die Mongo-Instanz starten, können Sie diese Umgebungsvariable einfach zusammen mit --dbpath verwenden. Vielleicht wäre es am besten, den gesamten Code in einer Konsolenanwendung zu kapseln, sodass Sie sie einfach starten können, bevor Sie die Mongo-Instanz starten.