Was mache ich falsch mit $set und $inc in update

Es scheint mir, dass Ihr Code tatsächlich versucht, das $inc-Feld des Dokuments festzulegen, anstatt den $inc-Modifikator für das foo.count-Feld zu verwenden. Dies könnte das sein, was Sie wollen:

db.foobar.update(
    { name: "Foobar" }, 
    {
        $set: { 'foo.bar': 'bar' }, 
        $inc: { 'foo.count': 1 } 
    }, true)

Hoffe das hilft.