Eine mögliche Lösung besteht darin, den Geometrietyp Point durch MultiPoint zu ersetzen und die Liste der Eingabekoordinaten als Array zu übergeben.
db.polygons.find({
geometry: {
$geoIntersects: {
$geometry: {
type: "MultiPoint", coordinates: [[24.053640, 49.812427],[...]...]
}
}
}
})