Angesichts Ihrer Verwendung von Auslassungszeichen in Ihrer Schemaliste scheint es ziemlich wahrscheinlich, dass es mehr Eigenschaften als isDeleted gibt unter den metadata Eigentum. Ihr Objekt sollte also sein:
var searchOptions = { "metadata.isDeleted": false } };
Der Grund dafür ist, dass die Abfrage sonst nach einem Dokument mit „exakt“ und „nur“ den unter den metadata genannten Eigenschaften sucht Schlüssel:
var searchOptions = { metadata: { isDeleted: false } };
Und wenn das nicht der Fall ist, dann gibt es natürlich keine Übereinstimmung.