Wenn Sie dies nicht unbedingt in SQL tun müssen, können Sie die zurückgegebene Liste der Objekte einfach direkt in Python sortieren.
Beispiel (unter Verwendung von Pythons sorted Funktion)
results = session.query(user).filter(user.id.in_(A)).all()
results = sorted(results, key=lambda o: A.index(o.id))
