Nach dem Aufruf von to_sql:
import sqlalchemy
engine = create_engine()
engine.execute('ALTER TABLE schema.table ADD PRIMARY KEY (keycolumn);')
Leider setzt pandas.to_sql keinen Primärschlüssel, es zerstört sogar auch den Primärschlüssel einer vorhandenen Tabelle. Man muss sich der Primärschlüssel bewusst sein.