Sehr wahrscheinlich Ihre sourcecodes_tags
Tabelle enthält sourcecode_id
Werte, die nicht mehr in Ihren sourcecodes
existieren Tisch. Die musst du zuerst loswerden.
Hier ist eine Abfrage, die diese IDs finden kann:
SELECT DISTINCT sourcecode_id FROM
sourcecodes_tags tags LEFT JOIN sourcecodes sc ON tags.sourcecode_id=sc.id
WHERE sc.id IS NULL;