Tabellenstatistiken (von EXPLAIN verwendet) basieren auf vom System zwischengespeicherten Werten, die möglicherweise nicht genau sind.
http://dev.mysql.com/doc/refman /5.1/en/using-explain.html sagt:
Die 'count()'-Version der Abfrage ist also genau, da sie vorhandene Zeilen wirklich 'zählt'. Die 'Explain'-Version zählt nicht unbedingt Ihre Zeilen, verwendet aber möglicherweise eine Schätzung/einen Cache. Explain ist nicht dazu gedacht, tatsächlich im Code oder in der Produktion verwendet zu werden – es ist nur ein Tool, das bei der Analyse Ihrer Abfragen hilft.