Warnungsausgabe in Bash unterdrücken

mysql_tzinfo_to_sql /usr/share/zoneinfo 2>/dev/null | mysql -u root mysql

Der Befehl, der die Fehlerausgabe an STDERR erzeugt, ist der erste Befehl, nicht der zweite. Setzen Sie die STDERR-Umleitung vor die Pipe, und dies sollte Ihr Problem beheben.