Eine MySQL ZEIT type kann Zeitspannen von '-838:59:59' bis '838:59:59' speichern - wenn das innerhalb Ihres erforderlichen Bereichs liegt, und es wäre nützlich, wenn MySQL diese Zeitspannen nativ in der Form HH:MM:SS darstellen würde, dann benutze das.
Andernfalls würde ich einfach einen Integer-Typ verwenden, um die Anzahl der Sekunden darzustellen.