Zwei Probleme, die ich sehen kann:
Wartung - Es wird mühsam sein, Änderungen an der Datenbank vorzunehmen (Tabellenstruktur ändern, SPs ändern usw.), wenn Sie Tausende von Datenbanken haben. Sicher, Sie können die Änderungen skripten, aber so viele Datenbanken sind umso mehr Chancen, dass etwas schief geht. Was werden Sie tun, wenn Ihr Skript auf halbem Weg fehlschlägt und einige Datenbanken mit den Änderungen übrig bleiben und andere nicht? Außerdem, wie ein anderer Poster erwähnt hat, was ist mit der Wartung von Dingen wie Verbindungszeichenfolgen, Logins/Passwörtern usw.?
Ressourcen - Ich bin mir nicht sicher, welche Ressourcen jede Instanz einer Datenbank verwendet, aber es muss einen gewissen Aufwand geben, so viele Datenbanken auszuführen. Wenn Sie es auf mehrere Maschinen aufteilen, stoßen Sie wieder auf das obige Wartungsproblem.
