Auch der mySQL-JDBC-Treiber wurde über einen langen Zeitraum aufpoliert und verfügt über mehrere Optimierungen, wie z. B. das Zwischenspeichern von Metadaten. Ich wäre überrascht, dass die JDBC-Entwickler viel TCP/IP-Overhead im Treiber gelassen hätten.
Der Wechsel von JNI zu einer C-basierten Implementierung würde wahrscheinlich mehr kosten, um zu nativem Code zu wechseln, als durch reduzierten TCP/IP-Overhead gewonnen werden kann.
Wenn Sie den TCP/IP-Overhead wirklich reduzieren möchten, sollten Sie eine eingebettete Datenbank wie SQLite, Derby oder Hypersonic verwenden.