Sie sollen die Anführungszeichen nicht selbst um den ? setzen Platzhalter. Entfernen Sie sie.
Sie sollten auch ein Array übergeben, keinen String. Angenommen, es handelt sich um einen sauberen String, können Sie einfach split verwenden .
connection.query(
"delete from userFiles where type = 1 and typeId = " + taskId +
" and fileName NOT IN (?) ", [oldFileNames.split(/,\s*/)],
function (err, rows) {
