Es sieht so aus, als würden Sie Ihre Listen überschreiben, anstatt an sie anzuhängen, wenn Sie Folgendes tun:
for site in sites:
items = [site.select('//h2').extract()]
item = [site.select('//h3').extract()]
meta = [site.select('//meta').extract()]
Ich denke, Sie möchten es vielleicht ändern in:
for site in sites:
items.append(site.select('//h2').extract())
item.append(site.select('//h3').extract())
meta.append(site.select('//meta').extract())