Eine bestimmte Mongo-Datenbank wird in eine Reihe von BSON-Dateien auf der Festplatte aufgeteilt, deren Größe auf bis zu 2 GB ansteigt. BSON ist ein eigenes Format, das speziell für MongoDB entwickelt wurde.
Diese Folien sollten alle Ihre Fragen beantworten:
http://www.slideshare.net/mdirolf/inside-mongodb-the-internals-of-an-opensource-database
