Für das, was es wert ist, ist mein aktuelles Setup so, bis ich etwas deutlich Besseres finde (oder finde):
lib
db
index.js
model.js
...
handler
index.js
whateverMakesSenseForMyParticularWebSite.js
...
router
index.js
model1RestRoutes.js
model2RestRoutes.js
iuRoutes.js
...
config.js (or a folder with multiple files if it makes sense)
server.js (main)
public
css
img
js
test
...
views
...
Also ja, Modelle, Ansichten, aber ich mache separate Routen und die Implementierung der eigentlichen Handler. Entkopplung, Abhängigkeitsinjektion auf ganzer Linie. Viel besser testbar/nachahmbar.