Wie ersetze ich durch Kommas getrennte Abteilungs-IDs jeweils durch ihren Namen?

Sie sollten es vermeiden, Daten als kommagetrennte Werte zu speichern, und der Normalisierung folgen.

In diesem Fall können Sie jedoch etwas als

select 
e.id , 
e.name , 
group_concat(d.name) from employee e 
left join department d on find_in_set(d.id,e.department) 
group by e.id ;