Zunächst müssen Sie statt einer ID Klassen für Ihre Auswahlen verwenden. jQuery gibt nur ein Element zurück, wenn Sie eine ID verwenden. Danach konvertiert die folgende Funktion alle Werte der Selects, die Sie als Parameter angeben, in ein Array.

/**
 * Convert select to array with values
 */    
function serealizeSelects (select)
{
    var array = [];
    select.each(function(){ array.push($(this).val()) });
    return array;
}

Also:

var course_ids = serealizeSelects($('.course_id'));

Sollte zum Beispiel zurückgeben:

[1,3,2]