Meine fundierte Vermutung ist, dass MySQL zweifellos gewinnt. Es ist dafür gemacht, Daten auf diese Weise zu handhaben. Der schiere Overhead, alle Daten zum Sortieren nach PHP verschieben zu müssen, gibt ihm einen Vorteil beim Booten.
Sie können es natürlich selbst herausfinden, indem Sie ein Benchmarking durchführen.