PHPMyAdmin (bzw. PHP) schließt die Datenbankverbindung nach jedem Bildschirm. Dadurch verschwinden Ihre temporären Tabellen.
Sie können mehrere SQL-Anweisungen in das SQL-Abfragefeld in PHPMyAdmin einfügen; dies sollte als ein Block ausgeführt werden und somit wird die temporäre Tabelle nicht gelöscht.