Klassen, die sich auf Ihrem ursprünglichen <select> befinden werden nach <div> kopiert von Select2 generiert, Sie sollten also nicht erwarten, Ihren ursprünglichen <select> zu erhalten einfach durch die Verwendung eines Klassenselektors.
Was gerade passiert, ist, dass Sie .html() setzen des <div> anstelle von <select> , weshalb es nicht mehr richtig angezeigt wird. Anstatt zu tun
$(".cr_coursedescription").html(html);
Sie sollten es ausprobieren
$("select.cr_coursedescription").html(html);
Es bekommt also nur den <select> Element.