Der connect_timeout-Parameter ist nur zur Verbindungszeit gültig. Es ist nützlich zu überprüfen, ob Ihr DB-Server in etwa 20 Sekunden erreichbar ist. Sobald die Verbindung hergestellt ist, ist das angegebene Timeout nicht mehr gültig.
Ich finde keinen Abfrage-Timeout-Parameter auf der offiziellen MySQL-Manpage:http://dev.mysql.com/doc/refman/5.5/en/server-system-variables.html daher glaube ich nicht, dass dies möglich ist.